1.奥美拉唑的耐受性良好，不良反应多为轻度和可逆。下列不良反应为临床试验或常规使用中所报告，但在许多病例中与奥美拉唑治疗本身的因果关系尚未确定。
2.下述不良反应中： 常见 是指发生率 ≥1/100 ；不常见 是指发生率 ≥1/1000，但 ＜1/100 ； 罕见 是指发生率＜1/1000 ；
(1)常见
中枢和外周神经系统：头痛
消化系统：腹泻、便秘、腹痛、恶心/呕吐和气胀
(2)不常见
中枢和外周神经系统：头晕、感觉异样、嗜睡、失眠和眩晕
肝脏：肝酶升高
皮肤：皮疹和(或)瘙痒、荨麻疹
其他：不适
(3)罕见
中枢和外周神经系统：可逆性精神错乱、激动、攻击性行为、抑郁和幻觉，多见于重症患者
内分泌系统：男子乳房女性化
消化系统：口干、口炎和胃肠道念珠菌感染
血液系统：白细胞减少、血小板减少、粒细胞缺乏症和各类血细胞减少
肝脏：脑病(见于先前有严重肝病患者)，肝炎或黄疸性肝炎、肝脏衰竭
肌肉与骨骼：关节痛、肌力减弱和肌痛
皮肤：光敏性、多形性红斑、Stevens-Johnson综合征、毒性表皮坏死(TEN)、脱发
其他：过敏反应，例如血管水肿、发热、支气管痉挛、间质性肾炎和过敏性休克。出汗增多、外围水肿、视力模糊、味觉失常和低钠血症
3.另有个例重症患者接受奥美拉唑静脉注射，特别是高剂量，曾出现不可逆性视觉损伤， 但无因果关系。